행정해석 질의회신 법인세

분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문의 분할 여부 등

사건번호 선고일 2025.08.19
지주회사를 설립하기 위해 사업부문을 분할한 경우에는 독립된 사업부문을 분할하는 것에 해당하며 완전모자회사간 흡수합병으로 인해 적격분할로 승계받은 자산이 처분되는 경우에는 부득이한 사유에 해당함
[회신] 귀 질의의 사실관계와 같이 내국법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사를 설립하기 위해 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산·부채만을 승계하는 사업부문을 분할한 경우에는 「법인세법 시행령」 제82조의2 제3항 제2호의 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것에 해당하는 것입니다. 또한, 「법인세법」 제46조의3 제3항 제1호의 분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에 해당하는지를 판단함에 있어서 완전모자회사간 흡수합병을 한 경우에는 같은 법 시행령 제82조의4 제6항 제1호에 따른 부득이한 사유에 해당하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인은 A법인과 B법인의 지분을 100% 보유하고 있는 모회사이며, A, B법인의 주식 전부 및 그와 관련된 자산, 부채를 인적분할하여 C법인을 설립(24년)함 ○ C법인은 공정거래법에 따라 지주회사 설립신고를 하였고, 공정위는 지주회사 요건에 충족하였음을 C법인에 통보(24년)함 ○ C법인은 자회사 중 A법인을 흡수합병(25년)하였는데, 합병 후 C법인은 공정거래법상 지주회사 요건을 충족하지 못하게 되어 사업회사로 전환되었음 2. 질의내용 ○ (질의1) 본 건 인적분할이 적격분할 요건 중 독립된 사업부문 요건을 충족하는지 여부 ○ (질의2) 본 건 흡수합병이 적격분할 사후관리 요건 중 사업의 폐지에 해당하는지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】 ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병 법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이관에서 “순자산 장부가액”이라 한다) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격 합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도 손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1.∼4. (생략) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우 2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우 ④ (생략) ○ 법인세법 제46조 【분할 시 분할법인등에 대한 과세】 ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 “분할신설법인등”이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 “분할법인등”이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액 2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 “적격분할”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우 에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것) 가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것 나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다. 다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것 2.∼4. (생략) ③ (생략) ④ 제1항과 제2항에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문 여부에 관한 판정기준, 분할대가의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제82조의2 【적격분할의 요건 등】 ① 법 제46조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1.∼3. (생략) ② (생략) ③ 주식등과 그와 관련된 자산·부채만으로 구성된 사업부문의 분할은 분 할하는 사업부문이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문 인 경우로 한정하여 법 제46조 제2항 제1호 가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 본다. 1. 분할법인이 분할등기일 전일 현재 보유한 모든 지배목적 보유 주식등(지배목적으로 보유하는 주식등으로서 기획재정부령으로 정하는 주식등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)과 그와 관련된 자산·부채만으로 구성된 사업부문 2. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 및 「금융지주회사법」에 따른 지주회사(이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 설립하는 사업부문(분할합병하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지주회사를 설립할 수 있는 사업부문을 포함한다). 다만, 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산·부채만을 승계하는 경우로 한정한다. 가.∼나. (생략) 3. 제2호와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우 ④∼⑩ (생략) ○ 법인세법 제46조의3 【적격분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례】 ① 적격분할을 한 분할신설법인등은 제46조의2에도 불구하고 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다. ② (생략) ③ 적격분할을 한 분할신설법인등은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득 금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령 으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 분할법인등 으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면·세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령 으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2.∼3. (생략) ④∼⑤ (생략) ⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제82조의4 【적격분할 과세특례에 대한 사후관리】 ①∼② (생략) ③ 법 제46조의3 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일 부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다. ④∼⑤ (생략) ⑥ 법 제46조의3 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제46조의3 제3항 제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 분할신설법인등이 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 2.∼3. (생략) ⑦ 법 제46조의3 제3항 제1호에 따른 분할신설법인등이 분할법인등 으로부터 승계받은 사업의 폐지 여부 판정 등에 관하여는 제80조의4 제8항을 준용한다. ⑧∼⑩ (생략) ○ 법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】 ① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. (생략) 2. 법 제44조제2항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우 나. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우 다. 합병법인이 「조세특례제한법 시행령」 제34조제6항제1호 에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우 라. 합병법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우 3. (생략) ②∼⑧ (생략) ○ 법인세법 시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】 ①∼⑦ (생략) ⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우 에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다. ○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1.∼6. (생략) 7. "지주회사"란 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사 로서 자산총액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다. 8.∼20. (생략) ○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조 【지주회사의 기준】 ① 법 제2조제7호 전단에서 "자산총액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 구분에 따른 회사를 말한다. 1. 해당 사업연도에 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병ㆍ물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 경우: 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원(법 제18조 제1항제2호에 따른 벤처지주회사의 경우에는 300억원) 이상인 회사 2. 제1호 외의 경우: 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원 (법 제18조제1항제2호에 따른 벤처지주회사의 경우에는 300억원) 이상인 회사 ② 법 제2조제7호 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호에 따른 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다. ③∼④ (생략)
원본 출처 (국세법령정보시스템)